Selon l'orientation des cristallites dans les fibres, différentes variétés de calcédoine peuvent être distinguées telles que la calcédonite, la pseudo-calcédonite, la quartzine ou la lutécite.
La chrysoprase est une variété gemme de calcédoine nickélifère, elle peut contenir des micro-inclusions de minéraux du nickel tel la kerolite, népouite, pimélite, willemseite.
