La complication la plus fréquente de l'intervention est la cataracte secondaire qui peut apparaître quelques jours à quelques années après l'intervention.
Il peut aussi être utilisé lors de soins post-opératoires pour favoriser la reconstitution des tissus, principalement après une opération de la cataracte.
Il a été reconnu sur des expérimentations animales et sur des études épidémiologiques chez l'humain, que les micro-ondes peuvent causer des cataractes.
La répétition des poussées peut parfois aboutir à des complications, comme la constitution de synéchies iridocristalliennes, de goniosynéchies, de cataractes, etc.
