Elle est également célèbre pour son militantisme eugéniste, à une époque où l'eugénisme comptait beaucoup d'adhérents parmi les intellectuels de gauche comme de droite.
Au début du siècle, les méthodes de sélection des chevaux sont abouties et empruntent à diverses influences, notamment au mendelisme, au darwinisme et à l'eugénisme.
Huxley, comme bien d'autres généticiens, voyait dans l'eugénisme un moyen d'éliminer les variantes indésirables du patrimoine génétique humain dans son ensemble.
