Chimicamente il topiramato è un monosaccaride sostituito con sulfamato, correlato al fruttosio, una struttura piuttosto inusuale per un anticonvulsivo.
Un gruppo glicosilico è un radicale libero monovalente oppure un sostituente ottenuto rimuovendo il gruppo ossidrilico emiacetale da un monosaccaride o da un oligosaccaride minore.