Das chronische Schichtarbeitersyndrom und Schlafapnoe dürfen wegen Nebenwirkungen (schwere Hautreaktionen und neuropsychiatrische Störungen) nicht mehr mit Modafinil behandelt werden.
Bei kurzfristiger, hochdosierter systemischer Anwendung können vor allem neuropsychiatrische Symptome auftreten, wie Konvulsionen, Schwindel, Kopfschmerzen, Schlaflosigkeit, Euphorie, Depressionen und Psychosen.
