Le méthane, quant à lui produit de plus faibles ballonnements et s'accompagne souvent de constipation et de stase gastro-duodénale, voire de reflux gastro-œsophagien.
Dans la maladie cœliaque (également appelée entéropathie sensible au gluten), la lymphocytose duodénale se rencontre dans les cas non traités ou partiellement traités.
