I due peptidi vengono trattati quindi con bromuro di cianogeno, un agente chimico capace di scindere i peptidi con taglio proteolitico in corrispondenza dell'amminoacido metionina.
Essa rappresenta il passaggio finale nella degradazione ossidativa degli aminoacidi contenenti zolfo, cisteina e metionina, fondamentale per la disintossicazione di solfito in eccesso.